RNA逆轉(zhuǎn)錄實驗常見問題及解決方案

　　1. ?RNA模板降解?

　　問題?：RNA易被RNase降解，導致cDNA合成失敗或產(chǎn)量低。

　　解決方案?：

　　全程冰上操作，使用RNase-free耗材(如槍頭、離心管)?。

　　加入RNase抑制劑(如RiboLock)保護RNA?。

　　通過瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA完整性(28S/18S條帶比例應為2:1)?。

　　2. ?RNA定量不準確?

　　問題?：RNA濃度過高(>5μg)或過低(<100pg)影響逆轉(zhuǎn)錄效率。

　　解決方案?：

　　使用分光光度計(A260/A280=1.8-2.1)或熒光定量儀精確測定濃度?。

　　避免過量上樣，防止高豐度基因優(yōu)先逆轉(zhuǎn)錄導致定量偏差?。

　　3. ?基因組DNA(gDNA)污染?

　　問題?：殘留gDNA干擾qPCR結(jié)果，導致假陽性。

　　解決方案?：

　　使用DNase I處理RNA模板?。

　　引物設計跨外顯子，避免擴增gDNA?。

　　選擇含gDNA去除功能的逆轉(zhuǎn)錄試劑盒?。

　　4. ?引物選擇不當?

　　問題?：引物與模板不匹配，導致cDNA合成不完整。

　　解決方案?：

　　Oligo dT引物?：適用于真核mRNA(需polyA尾)，但需高質(zhì)量RNA?。

　　隨機引物?：適用于原核RNA或降解樣本，但產(chǎn)物片段較短?。

　　混合引物?：Oligo dT+隨機引物組合可提高全長cDNA產(chǎn)量?。

　　5. ?RNA二級結(jié)構影響?

　　問題?：高GC含量或復雜結(jié)構阻礙逆轉(zhuǎn)錄酶延伸。

　　解決方案?：

　　65℃預變性5分鐘破壞二級結(jié)構?。

　　使用耐高溫逆轉(zhuǎn)錄酶。

　　6. ?逆轉(zhuǎn)錄酶活性不足?

　　問題?：酶失活或效率低導致cDNA合成失敗。

　　解決方案?：

　　選擇高保真逆轉(zhuǎn)錄酶。

　　優(yōu)化反應溫度(42-50℃)和緩沖體系?。

　　7. ?cDNA質(zhì)量驗證失敗?

　　問題?：無法通過PCR或qPCR檢測目標基因。

　　解決方案?：

　　擴增內(nèi)參基因(如GAPDH)驗證cDNA完整性?。

　　若內(nèi)參正常但目的基因無擴增，需檢查引物設計或模板質(zhì)量?。

　　總結(jié)

　　RNA逆轉(zhuǎn)錄實驗需嚴格把控RNA質(zhì)量、引物選擇及反應條件。若遇問題，可優(yōu)先排查模板降解、gDNA污染及酶活性等關鍵因素?。

　　注：以上僅供參考，不作為實際數(shù)據(jù)，實驗需嚴格遵循說明或咨詢技術老師。

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